工業微生物資源研究與應用
發酵工程研究發展部依托中國工業微生物菌種保藏管理中心，2019年被科技部和財政部聯合認定為國家菌種資源庫工業分庫，承擔國家工業微生物菌種資源科技匯交與整合任務，聚焦工業微生物菌種資源挖掘與應用研究，致力于打造國內領先的微生物資源科技服務平臺，服務對象覆蓋食品、藥品、化妝品、飼料、家電、環保等行業企業、第三方檢測、科研院所和高等院校。已成為我國工業微生物資源研發領域領軍機構，在工業微生物領域具有較高的行業影響力。
發酵部先后承擔“十一五～十三五”期間國家科技攻關項目5項，取得科研成果30余項，省部級科技進步獎20余項，國家發明專利20余項，軟件著作權10余項，在傳統釀造食品微生物菌種資源、益生菌精確鑒定與定量研究、微生物檢測替代方法驗證、標準菌株和質控樣品創制等領域取得一系列高水平研究成果，引領行業科技創新、技術進步和產業高質量發展。
領域1：國家工業微生物菌種資源庫建設運行
建設微生物菌種資源描述標準和規范研究制定及共享試點，開展工業微生物菌種資源標準化整理、整合及共享試點，系統建立了微生物標準化描述規范和技術規程體系，制定工業微生物菌種資源描述規范57個，制定工業微生物菌種資源技術規程38個。牽頭13家單位，建立跨部門、跨地區、跨行業的菌種資源共享網試點網絡；建立標準化整理工作流程，收集整理工業資源13000余株。
領域2：傳統發酵食品微生物資源挖掘與評價
針對白酒、黃酒、葡萄酒、醬油、谷物醋、豆瓣、腐乳、泡菜、發酵茶和面制品等中國特色傳統發酵食品，對我國傳統釀造食品的發酵菌種資源進行了系統收集、分類學鑒定和功能評價，采用微生物保藏、多相分類鑒定、共性元數據標準化整理、網絡數據庫和現代微生物菌種庫管理等技術，構建現代化的傳統發酵微生物菌種資源庫,實現我國傳統釀造食品微生物菌種科學、規范和長期安全保藏，已實現社會公益性共享，為傳統釀造食品的升級改造提供微生物菌種資源，促進傳統釀造技術的現代化、科學化及國際化進程。
領域3：微生物精準鑒定與評價
開發脈沖場凝膠電泳PFGE、隨機擴增DNA多態性RAPD、全自動DNA指紋圖譜鑒定溯源系統Riboprinter、基于高通量基因測序技術的ANI、SNP分析方法，綜合形態學、生理生化、分子生物學等方法，實現微生物種與株水平的精準鑒定。
調研分析國際和國內公認的耐藥基因、毒力基因和致病基因數據庫，搭建基于全基因組序列比對的微生物菌種基因安全性分析平臺，建立微生物基因安全性評價技術體系，識別傳統發酵食品微生物菌種的潛在安全性風險因素。
建立可培養法、宏基因組分箱分析、PMA-特異性PCR、RT-特異性PCR技術體系，開展復合微生物活菌計數技術研究，實現復合微生物菌劑、產品、環境樣品等的活體微生物靶向定量檢測。
領域4：微生物標準樣品產品創制
圍繞微生物標準樣品建立了標準菌株典型特征檢測、與標準方法適用性定性和定量評價技術體系；解析冷凍干燥和貯存過程的損傷機理，通過優化制備過程中預凍、干燥、保護劑等關鍵因素，開展產品均勻性、穩定性、外觀塑形等控制點研究，開發了不同種類、不同形式、不同濃度高品質標準菌株即用型產品的創制關鍵技術和即用型產品，滿足各類微生物檢測需求。推出GB 4789檢測方法成套標準菌株63株。全面參與GB 4789.28標準修訂，58株CICC編號進入標準，出版《食品安全國家標準 食品微生物檢驗標準菌株圖鑒》，生產能力通過ISO 17034認可，2株菌種獲批國家有證標準樣品，17株菌種進入WDCM列表，建立年產5萬支標準樣品生產基地，開發食品、水質等定量標準樣品系列產品70余種。
科研骨干
姚粟，博士，教授級高級工程師，現任中國食品發酵工業研究院副院長、發酵工程研發部主任、中國工業微生物菌種保藏管理中心主任，擔任國際乳品聯合會(IDF)微生物分析方法委員會（SCAMDM）主席，中國微生物學會工業微生物專業委員會主任委員。長期從事我國傳統發酵食品微生物菌種資源挖掘與功能評價技術研究。主持承擔多項國家和省部級項目，多項研究成果通過輕工聯合會組織的成果鑒定并達到國際領先或先進水平，獲得各級科技獎勵20余項，發表論文100余篇，授權發明專利12項；獲得新疆高層次引進人才、淄博市有突出貢獻的中青年專家和中國食品科技學會杰出青年獎等稱號。
李金霞，博士，教授級高級工程師，現任發酵工程研發部副主任，中國工業微生物菌種保藏管理中心副主任。兼任中國微生物學會工業微生物資源專業委員會委員，全國標準樣品技術委員會（TC118）委員。長期從事工業微生物菌種資源保藏、管理、開發，定性、定量菌劑產品研制與開發。主持并參與國家級、省部級科研項目十余項，參與多個ISO標準轉化國家標準與CNAS準則工作，發表論文20余篇，出版微生物圖鑒1本，獲得省部級獎勵7項。